将科学技术部的组织拟订科技促进农业农村发展规划和政策、指导农村科技进步职责划入农业农村部。将科学技术部的组织拟订科技促进社会发展规划和政策职责分别划入国家发展和改革委员会、生态环境部、国家卫生健康委员会等部门。将科学技术部的组织拟订高新技术发展及产业化规划和政策,指导国家自主创新示范区、国家高新技术产业开发区等科技园区建设,指导科技服务业、技术市场、科技中介组织发展等职责划入工业和信息化部。将科学技术部的负责引进国外智力工作职责划入人力资源和社会保障部,在人力资源和社会保障部加挂国家外国专家局牌子。
深化财政科技经费分配使用机制改革,完善中央财政科技计划执行和专业机构管理体制,调整科学技术部的中央财政科技计划(专项、基金等)协调管理、科研项目资金协调评估等职责,将科学技术部所属中国农村技术开发中心划入农业农村部,中国生物技术发展中心划入国家卫生健康委员会,中国21世纪议程管理中心、科学技术部高技术研究发展中心划入国家自然科学基金委员会。国家自然科学基金委员会仍由科学技术部管理。科学技术部不再保留国家外国专家局牌子。